A esterilização esteve no centro das atenções dos dentistas na última década. Alguns pacientes reclamam da formação de placa, bactérias e cheiro desagradável nos dispositivos de acrílico que não podem ser esterilizados com efetividade sem expor o paciente a químicos de potencial prejudiciais para eles.

Uma característica do Aparelho TMJ é que ele pode ser esterilizado em água fervendo ou autoclave (ciclo baixo).